Dans le même temps, le nombre de déplacements en transports en commun dans les agglomérations d'Annecy et de Genève a été multiplié par 1,8 entre 2002 et 2019 et par 1,7 à Thonon-les-Bains entre 2012 et 2019. 

Les transports en commun sont de plus en plus utilisés dans toutes les agglomérations proposant ce type de service (+70% de fréquentation en 7 ans dans l'agglomération de Thonon, par exemple). Dans ces périmètres de transports urbains, l'amélioration de l'offre accompagne la croissance de la fréquentation. Ainsi, le nombre de kilomètres de lignes de transport en commun à Annecy est passé de 330 km en 2018 à 550 km en 2019, de 183 km en 2018 à 243 km en 2019 à Thonon-les-Bains. A Genève, le nombre de kilomètres de lignes de transport en commun est passé de 413 km en 2002 à 467 km en 2019. La situation sur les lignes ferroviaires est différents. 

La fréquentation des lignes ferroviaires est également en forte hausse (+15% en 10 ans). Malgré la croissance de la fréquentation, le nombre de trains directs quotidiens a été fortement réduit entre les villes de Haute-Savoie et Lyon Part-Dieu même si la durée des trajets a été peu impactée . Annecy : 13 en 2012 et 1 en 2020. Annemasse et Thonon-les-Bains : 3 en 2002 et 0 en 2020. Saint-Gervais-les-Bains : de 6 en 2002 à 0 en 2020. Genève : 13 en 2002 à 10 en 2020